Hace treinta años, la repentina aparición de formas de vida alienígenas invasoras desconocidas estuvo a punto de provocar el fin del mundo. Desde entonces, la humanidad y estas criaturas, conocidas como «Especies Invasoras», han seguido enfrentándose por el territorio habitable. Aunque la seguridad humana se mantiene a duras penas, el mundo sigue al borde del colapso. Mientras la amenaza de muerte y destrucción persiste, la gente sigue con su vida cotidiana haciendo caso omiso del peligro constante que les rodea. En respuesta a ello, las Naciones Unidas crean EXCEEDS, una organización encargada de investigar y combatir las amenazas causadas por las Especies Invasoras. La historia comienza en Mizuho, una nación insular del Lejano Oriente, donde Shiina Kuze, una joven cazadora que extermina especies invasoras, vive en una isla remota. Shiina, que no desea nada más que una vida tranquila con su única familia —su hermana menor, Setsuna—, ve su rutina alterada cuando se produce un incidente inesperado que la arrastra a un conflicto mucho mayor.