En el año 2029, la ciudad de Niihama se ha convertido en una metrópolis tecnológicamente avanzada. Gracias a los grandes avances en cibernética, sus ciudadanos pueden sustituir sus extremidades por prótesis robóticas. El mundo está ahora más interconectado que nunca, y la Sección 9 de Seguridad Pública de la ciudad se encarga de combatir la corrupción, el terrorismo y otras amenazas peligrosas derivadas de este proceso de globalización. La tenaz comandante Motoko Kusanagi, de la Sección 9, encabeza un caso relacionado con un misterioso hacker conocido únicamente como el «Maestro de Marionetas», que deja un rastro de víctimas despojadas de sus recuerdos.